O Princípio Orientador dos Medicamentos Quirais Inovadores estipula claramente que"o método direto para determinação da configuração molecular de drogas quirais é a análise da estrutura de raios X de cristal único". Para medicamentos inovadores quirais gerais, monocristalinosDifração de raios X resultados de análise de estrutura também são necessários. Como os cristais quirais têm sinais dispersos anormalmente para os raios X, o coeficiente de Flack pode ser calculado medindo os sinais dispersos anormalmente e então a configuração molecular pode ser obtida. Comparado com outros métodos analíticos para analisar a quiralidade, os raios Xúnico cristala difração é mais direta e confiável.

Além da estrutura cristalina do medicamento de moléculas pequenas, outro uso importante doDifração de cristal único de raios Xé resolver a estrutura complexa de moléculas precursoras de drogas e proteínas alvo. Nos métodos modernos de descoberta de medicamentos, podemos obter a estrutura da proteína alvo, bem como a estrutura complexa do medicamento precursor de moléculas pequenas e da proteína alvo, e ver claramente o modo de ação dos medicamentos de moléculas pequenas. O projeto de medicamentos baseado em estrutura, com a ajuda de computadores, tornou-se muito claro e direto. Portanto, a triagem de alto rendimento, a triagem virtual, o design de medicamentos baseado em estrutura e a otimização de compostos líderes tornaram-se técnicas comuns para a descoberta de medicamentos de moléculas pequenas. Essas tecnologias tiveram muito sucesso e ainda hoje são enriquecidas e desenvolvidas.